Alterar de forma significativa la evolución de las especies puede tener consecuencias imprevisibles en el equilibrio ecológico. Las técnicas de ingeniería genética alteran todas las limitaciones que la propia naturaleza pone para la relación entre organismos de especies alejadas o no emparentadas. El desarrollo de estas ventajas competitivas por parte de los organismos transgenicos, como mayor resistencia a la salinidad, a la sequía o a las bajas temperaturas, puede ocasionar la invasión por parte de estas especies de hábitat que no les son propios y cuyo equilibrio se vería entonces amenazado al desplazar a otras o favorecer su extinción.
Se han desarrollado plantas con capacidades insecticidas que pueden amenazar la existencia de especies de insectos y hongos beneficiosos e incluso imprescindibles para el desarrollo biológico. Insectos diseñados específicamente para controlar el desarrollo de otros pueden mutar o combinarse con otras especies produciendo resultados impensados.
La modificación genética de virus, cuya capacidad de mutación y combinación los hace ya de por sí peligrosamente imprevisibles, puede dar lugar a la aparición de nuevas enfermedades o a la transformación de otras ya existentes alterando sus vías de contagio o las especies a las que pueden afectar.
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